Explorando datos abiertos en biomedicina: Una introducción práctica al uso de GEO y GEO2R

Autores/as

  • Camila Fernanda Cunha-Brandao Internal Medicine Department, Ribeirão Preto Medical School, São Paulo State University, Ribeirão Preto, Brasil. Research Laboratory on Metabolism, Physiology and Physical Exercise (LAPEMFE), Minas Gerais State University, Divinópolis, Brasil.
  • Yan Leo Melo-Vieira Internal Medicine Department, Ribeirão Preto Medical School, São Paulo State University, Ribeirão Preto, Brasil. Research Laboratory on Metabolism, Physiology and Physical Exercise (LAPEMFE), Minas Gerais State University, Divinópolis, Brasil.
  • José de Jesús Martínez-González Universidad Autónoma del Estado de Morelos, CIICAp, Av. Universidad 1001, Col. Chamilpa 62209, Cuernavaca, Morelos, México.

Palabras clave:

GEO, bioinformática accesible, datos biomédicos abiertos

Resumen

El Gene Expression Omnibus (GEO) del NCBI es un repositorio público con miles de estudios de expresión génica y otros perfiles moleculares. Reutilizar estos datos abiertos permite generar hipótesis, validar hallazgos y realizar análisis exploratorios in silico sin costo de laboratorio. En este artículo explicamos, con lenguaje sencillo, qué es GEO, qué información contiene y cómo usar herramientas accesibles como GEO2R para análisis básicos reproducibles, incluso en instituciones con recursos limitados. Además, presentamos un ejemplo ilustrativo del flujo de trabajo y posibles resultados, sin establecer conclusiones biológicas o clínicas definitivas.

Citas

Clough, E., Barrett, T., Wilhite, S. E., Ledoux, P., et al. (2024). NCBI GEO: archive for gene expression and epigenomics data sets: 23-year update. Nucleic Acids Research, 52(D1), D138–D144. https://doi.org/10.1093/nar/gkad965

Kesh, S., & Raghupathi, W. (2004). Critical issues in bioinformatics and computing. Perspectives in health information management/AHIMA, American Health Information Management Association, 1, 9.

Wang, Z., Lachmann, A., & Ma’ayan, A. (2019). Mining data and metadata from the Gene Expression Omnibus. Biophysical Reviews, 11(1), 103–110. https://doi.org/10.1007/s12551-018-0490-8

Kułak, K., Sztybór, I., & Kamińska, K. (2024). Obesity-an epidemic of the 21st century–literature review. Journal of Education, Health and Sport, 70, 49557-49557.

Marchant, E., Singh, E., Kureel, S., Blair, B., Maroto, R., Sheetz, M., & Rasmussen, B. (2024). Abstract 2197 Whole-body ultrasound treatment increases insulin production and lowers fasting blood glucose in aged insulin-resistant mice. Journal of Biological Chemistry, 300(3). https://doi.org/10.1016/j.jbc.2024.106486

Alsulami S, Nyakotey DA, Dudek K, Bawah AM,Lovegrove JA, Annan RA, Ellahi B, Vimaleswaran KS. Interaction between metabolic genetic risk score anddietaryfatty acid intake on centralobesity in a Ghanian population. Nutrients 12: 1906, 2020. https://doi.org/10.3390/nu12071906

Sahoo, K., & Sundararajan, V. (2024). Methods in DNA methylation array dataset analysis: A review. Computational and Structural Biotechnology Journal, 23, 2304-2325. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2024.05.015

Chen, J. Q., Salas, L. A., Wiencke, J. K., Koestler, D. C., Molinaro, A. M., Andrew, A. S., & Christensen, B. C. (2022). Immune profiles and DNA methylation alterations related with non-muscle-invasive bladder cancer outcomes. Clinical Epigenetics, 14(1), 14. https://doi.org/10.1186/s13148-022-01234-6

Han, M. R., Jeong, J. H., Kim, Y. G., Yang, H. H., Seo, C. O., Kim, Y., ... & Choi, J. I. (2024). Epigenetic regulation on left atrial function and disease recurrence after catheter ablation in atrial fibrillation. Clinical Epigenetics, 16(1), 183. https://doi.org/10.1186/s13148-024-01794-9

Chen, E. Y., Tan, C. M., Kou, Y., Duan, Q., Wang, Z., et al. (2013). Enrichr: interactive and collaborative HTML5 gene list enrichment analysis tool. BMC Bioinformatics, 14, 128. https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-128

Descargas

Publicado

2026-04-30

Cómo citar

Cunha-Brandao, C. F., Melo-Vieira, Y. L., & Martínez-González, J. de J. (2026). Explorando datos abiertos en biomedicina: Una introducción práctica al uso de GEO y GEO2R. Revista De divulgación científica IBIO, 8(2), 312. Recuperado a partir de http://revistaibio.com/ojs33/index.php/main/article/view/312

Número

Sección

¿Cómo funciona?